《最后的99天》取材于真實的歷史事件，講述了解放前夕，在距新政協預定的會期還有99天之際，上海地下黨為了爭取并掩護民主人士北上參加第一屆新政協會議，一對同父異母的兄弟即共產黨人肖昆和國民黨軍官肖鵬之間，展開殊死搏斗的故事。 解放戰爭進入最后階段，距新政協預定的會期還有99天…… 武漢開往上海的火車在即將到達上海的時候突然臨時停車，廖云山和肖鵬等人秘密上了車。火車再次啟動時，陳安被肖鵬的槍口頂住，陳安叛變了！ 陳安說出了與儲漢君的特殊關系原來陳家與儲家是世交，陳父與儲漢君在他出生前指腹定婚，此次他要與儲漢君的獨生女完婚。陳安的這一身份引起了特派員廖云山的興趣。 火車晚點半小時進站了。陳安拎著箱子下車，他的穿著打扮跟接頭密電里交待的一模一樣。賈程程欲要上前接頭，肖昆一眼瞥見他的同父異母兄弟肖鵬，他預感不好決定放棄接頭，于是沖肖鵬大喊，差點就跟陳安接頭的賈程程驚出一身的冷汗。看著賈程程，肖鵬心里總有一種說不出的不對勁。他輕聲告訴哥哥，自己正在執行任務讓他先離開此地。 這一天，陸軍高等指揮學校校長徐杰生正在舉行畢業典禮。特派員廖云山突然出現，章默美接受了新任務回到儲漢君家去監視和保護儲漢君，因為章默美是儲家保姆的女兒。 陳安遵廖云山命獨自來到儲家，儲蘭云對這位從未謀面的夫君很是惱火，更何況有母親剛死，便出言不遜。 肖昆是儲漢君的得意門生，二人情同父子。肖昆改行經商，儲漢君惋惜不已。儲漢君提出要找個資料助理員時，肖昆便一口答應。 賈程程作為資料員來到儲府，陳安很是激動，因為從火車站的那一刻起，他就認定賈程程是來接自己的；儲蘭云則對賈程程很是反感，譏諷賈程程是來做填房的。賈程程被激怒了，她把賈程程反鎖在書房，憤然離去。 恰好廖云山和肖鵬來儲府拜訪，賈程程的舉動映入肖鵬的眼簾，好感之余也生出幾分懷疑，賈程程會不會是來與陳安接頭的呢？ 廖云山警告陳安，如果三天內303仍不跟他接頭，就不再留著他。 陳安嚇壞了，忙趁陪儲蘭云購物之機，到報社與記者小王接頭，被肖鵬發現，小王被殺。 肖昆和賈程程也在研究除掉陳安的辦法，因為一旦陳安與儲蘭云結婚，陳安便有了保護傘。沒想到儲漢君向肖昆道出了一段實情儲蘭云不是他的女兒，陳安卻是他的親生兒子……儲漢君懇求肖昆把這個秘密爛在心里，不能告訴任何人。肖昆不得不讓賈程程取消除掉陳安的計劃，賈程程甚是不解。 儲家在準備儲蘭云和陳安的訂婚禮，儲蘭云則絕食抗爭。章默美告訴賈程程，儲蘭云如此反抗不僅因為她不喜歡陳安，還因為她心里愛上了肖鵬。 儲漢君經過激烈的思想斗爭，終于戰勝了個人感情，他決定放棄婚禮，放棄陳安。 陳安再次感到自身的危機，他認定了303就是肖昆。于是，他決定殺死肖鵬母親來嫁禍于肖昆……肖鵬母親死亡，肖鵬發誓與肖昆決裂！ 這天，肖昆正在召集上海地下黨就護送民主人士南下香港一事召開緊急會議，結果被堵。前來圍堵的肖鵬沖肖昆大喊如果你有種，你現在就承認你是303…… 陳安拿出家信告訴儲蘭云，他才是儲漢君的親生兒子。在她與自己之間，儲漢君決不會選擇與自己沒有一點血緣關系的儲蘭云！儲蘭云的人生信念徹底崩潰了，她沖上樓頂……賈程程懇求肖鵬用愛救下儲蘭云，肖鵬艱難地說出我愛你…… 肖鵬向廖云山提出要與儲蘭云結婚。廖云山將計就計，把儲蘭云從上海接到香港。香港報紙大肆報道，儲漢君與國民黨聯姻。新婚之夜，肖鵬向儲蘭云說明跟她結婚是為了救她而不是愛她。因為他的心里已經有賈程程了……廖云山帶數名警衛持槍沖了進來，陳安向肖鵬開槍，儲蘭云撲入肖鵬的面前，中彈倒入肖鵬的懷里…… 廖云山得知儲漢君已離開香港奔向解放區，他讓人帶話，可以用肖昆和章默美一換一。 肖昆和章默美在與艱難時局的奮戰中相愛了，他們返回香港，見到前來頂換自己的哥哥肖昆時，肖鵬震撼了！他毫不遲疑地行動了，這行動長久以來盤桓在他的內心深處……看著陳安倒下，看著四下特務的倒下，肖鵬笑著倒在自己的血泊里…… 新中國成立的禮炮響過了，肖昆和章默美離開了肖鵬的墓碑，只有賈程程長久地佇立在墓碑前……
